Фамилия Липнева образована от прозвища или нецерковного имени Липень. В северных и центральных говорах «липень» — это июль, месяц цветения липы. Прозвище могли дать человеку, родившемуся в июле, или тому, кто был связан с заготовкой липового цвета, коры или древесины. Основа фамилии — не название дерева (липа), а именно календарное имя, что встречается реже, чем кажется.

Форма с суффиксом -ев указывает на принадлежность: «чей сын?» — Липнев. В русской ономастике фамилии на -ев обычно образуются от основ на мягкий согласный или -й. В данном случае основа Липень дала Липнев, а женская форма Липнева закрепилась через родство. Мужской вариант — Липнев, но в быту и документах женская форма встречается не реже, особенно если фамилия давно устоялась в семье.

Есть и другая, менее вероятная версия: от диалектного слова «липень» — вялый, медлительный человек. В некоторых говорах так называли ленивого или неповоротливого. Но календарное происхождение выглядит убедительнее: подобные «месячные» фамилии (Январев, Мартов, Сентябрев) встречаются в русских списках, хоть и не массово. Фамилия Липнева — редкая, её носители чаще всего встречаются в центральной России и Поволжье, что совпадает с ареалом липовых лесов и традицией именовать детей по святцам или природным циклам.

Сословно фамилия могла принадлежать как крестьянам, так и мещанам — точных данных о дворянском происхождении нет. В XIX веке Липневы фиксируются в Тверской, Костромской и Нижегородской губерниях.