Фамилия Липьянина — это женская форма, но в русской традиции она почти всегда указывает на фамилию мужа или отца. Исходная, мужская форма — Липьянин. Эта фамилия — редкий пример образования с суффиксом -янин, который в русских фамилиях встречается нечасто и обычно указывает на принадлежность к определённой местности или группе людей (ср. Рязанин, Двинянин). В основе лежит топоним Липьяны — название населённого пункта, которое, в свою очередь, происходит от слова «липа». Таких сёл и деревень несколько, например, Липьяны в Пермском крае или Липяны в Кировской области, а также в Беларуси (Липяны в Витебской области). Человек, переселившийся из такого места, получал прозвище Липьянин — «выходец из Липян».

Суффикс -янин в фамилиях часто подвергался редукции: в быту говорили Липьянов или Липянин, но книжная, паспортная форма сохранила архаичный вариант. Фамилия не связана с духовенством (у семинаристов были модели на -ский) и не является дворянской — это типичная крестьянская или посадская фамилия, закреплённая за одной семьёй в XIX веке, когда крестьянам массово давали фамилии по месту прежнего жительства.

Встречается фамилия преимущественно на севере европейской части России и в Прикамье — регионах, где были распространены названия на -яне (как пермяки, вятчане). Носители фамилии Липьянина сегодня живут в основном в Пермском крае, Свердловской области и Удмуртии. Других версий происхождения — например, от личного имени Липьян (редкая форма от Филипп) — ономасты не поддерживают из-за отсутствия документальных подтверждений. Фамилия редкая, не попала в массовые справочники, но её прозрачная внутренняя форма даёт чёткий ответ: предок был «липьянином», то есть человеком из Липян.