Фамилия Липовцына — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Липовцев. В русской традиции такие фамилии образовывались с помощью суффикса -ин: Липовцев → Липовцына, что буквально означает «жена или дочь Липовцева». Сама же мужская фамилия образована от прозвища или профессии, связанной с липой.

Корень «лип-» в русских фамилиях многозначен. Чаще всего он указывает на географический объект: село Липовцы, Липовка или урочище с липовыми рощами. В таком случае Липовцев — это выходец из Липовцев. Второй вариант — прозвище по роду занятий. Липовцем могли называть того, кто работал с липовой древесиной: делал лыко, мочало, долблёную посуду или бондарные изделия. Липа — мягкое и податливое дерево, в крестьянском быту из неё изготавливали ложки, игрушки, резные наличники. Мастер по липе получал устойчивое прозвище Липовец, которое затем закрепилось как фамилия.

Модель с суффиксом -овц-/-евц- характерна для восточнославянских фамилий, особенно для территорий, где названия жителей образовывали по принципу «кто откуда»: Москва — москвич — Москвин, Липова — липовец — Липовцев. Такая схема активна в южнорусских и украинских говорах, а также в белорусском ономастиконе. Встречается фамилия и в старых писцовых книгах: например, в документах XVII века упоминаются крестьяне с прозвищем Липовец в Рязанском и Тульском уездах, что подтверждает её давнюю бытовую основу.

Однокоренные фамилии — Липов, Липкин, Липский, Липович — различаются суффиксами, но восходят к той же липовой теме. Липовцына стоит в ряду тех редких фамилий, где прозвище связано не с внешностью или характером, а с конкретным ремеслом или местом жительства. В современной России фамилия встречается рассеянно, без ярко выраженного регионального центра — это говорит о том, что её носители разошлись по стране ещё в XIX веке.