Фамилия Лисишников — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, образовано не напрямую от названия животного, а от уменьшительно-пренебрежительной формы. Вопреки первому впечатлению, предок носителя этой фамилии был не «лисишником» (такого слова в промысловой лексике не было), а человеком, которого в быту называли Лисишка.

Модель образования прозрачна: основа «лис-» + суффикс субъективной оценки «-ишк-» (как в словах «домишко», «шапчонка») + патронимический суффикс «-ов». Фамилия значит «сын Лисишки». Суффикс «-ишк-» в русских прозвищах XVI–XVII веков часто имел ироничный или уничижительный оттенок: так могли назвать невысокого, юркого человека с хитрым прищуром или рыжеватого, но не столь яркого, чтобы прозвать просто Лисом. В словаре Б. Унбегауна подобные модели с «-ишк-» описываются как типичные для севернорусских и сибирских говоров, где такие прозвища бытовали особенно долго.

Вторая, менее вероятная версия — связь с диалектным словом «лисишник». В некоторых говорах так называли мелкого торговца пушниной, скупавшего шкурки у охотников. Но эта гипотеза слабая: суффикс «-ник» в фамилиях обычно даёт форму на «-ников» (Лисишников — от Лисишник), а не на «-ов». Если бы предок был именно скупщиком, фамилия звучала бы как Лисишников, но с другим ударением и без суффикса «-ов». Версия с прозвищем Лисишка выглядит убедительнее и по словообразованию, и по бытовой логике.

Фамилия крайне редкая. В дореволюционных переписях и метрических книгах XIX века она встречается почти исключительно в Вятской и Пермской губерниях — в районах, где активно использовались уменьшительные прозвища на «-ишк-». В современных телефонных справочниках носители фамилии рассеяны по всей России, но основное ядро по-прежнему фиксируется на Урале и в Кировской области. Социальный состав предков, судя по косвенным данным, — крестьяне и мелкие ремесленники: прозвищные фамилии такого типа редко встречались у дворян или купцов.

Интересная деталь: в некоторых говорах «лисишкой» называли не человека, а хитроумный снаряд для ловли рыбы или плетёную вершу. Если это так, прозвище мог получить мастер, делавший такие снасти. Но эта версия остаётся гипотетической — письменных подтверждений из ономастических источников нет.