Фамилия Лиснер — один из вариантов более распространённой немецкой фамилии Лисснер. Её основа — прозвище, которое, скорее всего, связано с топонимом Лисса. Так называется небольшое поселение в Саксонии. Предок, получивший такую фамилию, мог родиться или долгое время жить в этом месте.

Название самого поселения, по одной из версий, восходит к немецкому слову Liese, что значит «ущелье». Таким образом, фамилия могла указывать на характер местности, где жил человек, или быть чисто «географической», привязанной к названию населённого пункта.

Форма Лиснер встречается в российских архивных документах. В Книге памяти Самарской области есть несколько записей: Лиснер Август Карлович, родившийся в 1890 году, и Лиснер Рейнгард Августович, родившийся в 1932 году, оба проживали в Куйбышевской области. В Книге памяти Кабардино-Балкарской Республики упоминается литейщик Лиснер Арнольд Иванович (родился в 1888 году), родом из Гамбурга. Эти записи — не просто перечень, а подтверждение того, что носители фамилии были частью российского общества, занимались ремёслами и оседали в разных регионах страны.