Фамилия Лизина образована от прозвища или нецерковного имени Лизя. В основе прозвища лежит нарицательное «лизун». Так могли назвать человека с привычкой облизываться или того, кто любил полакомиться чужим угощением — в крестьянской среде такое прозвище давали без злого умысла, скорее как бытовую характеристику.

Менее вероятная, но возможная версия связывает имя Лизя с женским именем Елизавета (в переводе с древнееврейского — «Богу обетованная») или с мужским крестильным именем Елизар («Бог помог»). Лизя — это просторечная, сокращённая форма обоих имён, которая в быту могла закрепиться за человеком и перейти в фамилию. В этом случае фамилия указывала бы не на прозвище, а на имя отца или матери.

Суффикс -ин в фамилии Лизина — типичная русская модель, указывающая на принадлежность: «чей?» — Лизин, то есть сын (или дочь) Лизи. Такая форма характерна для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин особенно распространены. В женском роде фамилия сохранила исходное окончание, которое в мужском варианте звучало бы как Лизин.

Среди однокоренных фамилий — Лизин, Лизунов, Лизяев. Все они восходят к тому же корню, но различаются суффиксами и историей бытования в разных регионах. Фамилия Лизина встречается реже, чем мужской вариант, что связано с особенностями записи в документах: часто женская форма фиксировалась как основная, если речь шла о вдове или о дочери, не вышедшей замуж.