Фамилия Лизин образована от личного имени или прозвища Лизя. Чаще всего за основу берут краткую форму женского крестильного имени Елизавета (от древнееврейского Элишева — «мой Бог — клятва»). Однако есть и другая версия: Лизя — это просторечная форма мужского имени Елизар (от древнееврейского Эли‘азар — «Бог помог»). В этом случае фамилия Лизин означает «сын Лизы», где Лиза — не женское имя, а мужское прозвище или сокращение.

Сама модель на -ин типична для русских фамилий, образованных от основ на -а/-я. Она указывает на принадлежность: Лизин — «чей?» — «сын Лизы». Такие фамилии были распространены в северных и центральных губерниях России, а также в среде крестьян и мещан.

Менее вероятно, что фамилия восходит к прозвищу Лизя от глагола «лизать» или существительного «лизун». Эта версия слабее, потому что прозвища такого типа обычно давали за конкретную манеру поведения или внешность, но они редко становились основой для фамилии в той же мере, что и обиходные формы крестильных имён.

Таким образом, потомок человека по имени Лизя (будь то Елизар или Елизавета) со временем получил фамилию Лизин.