Фамилия Лобененков — одна из тех, где сразу бросается в глаза необычный суффикс. В русских фамилиях продуктивны суффиксы -ов/-ев, -ин, -ский. Здесь же двойной суффикс -енков. Такая модель характерна для южнорусских и украинских земель, где отчество или прозвище сначала оформляли уменьшительным суффиксом -енко (сын такого-то), а затем, при русификации или переходе в великорусскую среду, добавляли стандартный -ов. Таким образом, Лобененков — это русифицированная форма украинской или южнорусской фамилии Лобененко.

В основе лежит прозвище Лобеня. Оно могло образоваться от слова «лоб» — человека с большим, выпуклым лбом, либо упрямого («лоботряс»). Но есть и другая, более конкретная версия. В южнорусских говорах «лобаном» или «лобеней» называли рыбу голавля. Следовательно, прозвище мог получить рыбак или человек, внешне напоминавший эту рыбу (крупная голова). Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «лобить» — бить, колотить, что давало бы прозвище драчуну.

География фамилии подтверждает её южное происхождение. Наибольшая концентрация носителей Лобененков — в Курской и Белгородской областях, а также в соседних регионах Украины (Сумщина, Харьковщина). Это зона активного взаимодействия великорусского и малороссийского населения, где и возникали такие гибридные фамилии.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Лобов и Лобанов — общерусские, а Лобенко — чисто украинская. Лобененков занимает промежуточное положение: корень украинский, а суффикс уже русский. В документах XVII–XVIII веков среди однодворцев (служилых людей южных засечных черт) можно встретить и Лобеневых, и Лобененковых. Скорее всего, предки носителя фамилии были не крепостными, а государственными крестьянами или однодворцами, охранявшими границы Московского царства.