Фамилия Лобунский образована по географическому принципу — от названия населённого пункта типа Лобуны, Лобунь или Лобунское. Такие топонимы встречаются на территории современной Украины и юга России, в частности в Херсонской и Запорожской областях. Суффикс -ский указывает на дворянское или шляхетское происхождение, хотя в более позднее время такую форму могли получить и крестьяне, переселившиеся из другого села. В основе названия лежит прозвище Лобун — по одной версии, от слова «лоб» (большелобый, упрямый человек), по другой — от южнорусского диалектного «лобун» (рыба голавль). Таким образом, фамилия могла означать либо «выходец из местности Лобуны», либо «потомок человека по прозвищу Лобун». В отличие от патронимических моделей вроде Иваненко («сын Ивана»), здесь связь не с отцом, а с местом или личной характеристикой предка. Фамилия редкая, не входит в сотни самых распространённых, и её носители в основном сосредоточены на юге России и востоке Украины. В документах XVII–XVIII веков встречаются упоминания казаков с прозвищем Лобун, что может указывать на запорожские корни фамилии.