Фамилия Лобунов — один из тех случаев, когда прозвище предка «застыло» в официальной записи, но его исходное значение сегодня уже не лежит на поверхности. Если разобрать слово по косточкам, то в основе лежит корень «лобун». В русских говорах так называли человека с большим, выпуклым лбом — попросту «лобастого». Суффикс -ун в таких прозвищах (ср. «горбун», «крикун») указывал на характерную особенность: не просто лоб, а именно заметный, выделяющийся. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, получил уличное прозвище Лобун за внешнюю примету, а его дети уже стали Лобуновыми.

Словообразовательная модель здесь классическая: прозвище на -ун плюс типичный русский патронимический суффикс -ов, означающий «сын Лобуна» или «из семьи Лобуна». Важно, что фамилия не связана с каким-либо ремеслом или должностью — это чисто описательное, «антропонимическое» прозвище, каких в русской деревне было множество. В словаре Б. Унбегауна можно найти аналогичные примеры: Глазунов (от «глазун» — глазастый), Губанов (от «губан» — губастый). Лобунов стоит в том же ряду.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных областях России — там, где были распространены говоры с активным суффиксом -ун. Встречаются варианты написания: Лобунов и, реже, Лобуновъ (с твёрдым знаком в дореволюционных записях). Двойных версий происхождения, как у некоторых фамилий, здесь практически нет: попытки связать «лобун» с глаголом «лупить» или «лобанить» (бить по лбу) лингвистически слабы, так как ударение и суффикс ведут к существительному, а не к действию.

Кем могли быть предки? Скорее всего, крестьянами или посадскими людьми. Никаких свидетельств о принадлежности к дворянству или духовенству по этой фамилии нет — она осталась в народной среде. Если искать однокоренные фамилии, то это Лобанов (от «лобан»), Лобачев (от «лобач») и Лобов. Лобунов среди них — самая редкая, с более яркой, «увеличительной» окраской прозвища.