Фамилия Лобунцовы образована по классической для русской ономастики модели: к основе прозвища или мирского имени добавлялся суффикс -ец, а затем фамильный суффикс -ов. Полная цепочка выглядит так: Лобун → Лобунец → Лобунцов. Суффикс -ец в прозвищах часто указывал на человека, имеющего какую-то яркую черту или склонность к чему-то, а последующее прибавление -ов превращало прозвище в фамилию, отвечающую на вопрос «чей?» — то есть сын или потомок Лобунца.

В основе фамилии лежит корень «лоб». Самая прямая версия: Лобуном называли человека с большим или выпуклым лбом. В старину такие прозвища давали без обидного оттенка — по внешней примете, которая бросалась в глаза. Однако у слова «лоб» было и переносное значение: так могли назвать хитрого, себе на уме человека, который «лбом стену прошибёт», то есть упрямого и настойчивого. В южнорусских говорах «лобун» могло означать и просто «большая голова», что тоже отсылает к внешности.

Менее очевидная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «лобунить» — бить по лбу, щёлкать. В этом случае Лобунец — это либо шалун, которого часто наказывали щелчками, либо, наоборот, тот, кто сам любил давать такие щелчки. Такие прозвища по действию или привычке тоже были распространены в крестьянской среде.

Фамилия Лобунцов — относительно редкая. Встречается она преимущественно в южных регионах России, особенно в Ростовской области и Краснодарском крае, а также на Украине. Это может указывать на то, что фамилия сложилась в среде донского или запорожского казачества, где прозвища по внешним признакам были особенно живучи. В XVIII–XIX веках казаки нередко получали фамилии не от отца, а от деда или от прозвища самого первопоселенца, поэтому Лобунцовы могли быть потомками одного человека по прозвищу Лобун, который фиксировался в реестрах или метриках.

Именования, образованные по той же модели, что и фамилия Лобунцов, широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. У поляков есть фамилия Łobuniec, у белорусов — Лабунец, что говорит о древности корня. Однако процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности, поэтому окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Лобунцов можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований — работы с метрическими книгами, ревизскими сказками и переписными листами конкретных губерний.