Фамилия Лодяная звучит как прилагательное женского рода, но в русской ономастике она относится к типичной модели фамилий на -ая, которые в прошлом были краткими прилагательными. Такие фамилии чаще всего встречались на юге России и в некоторых регионах Украины, где была распространена форма «Лодяный» (мужской вариант). Основа фамилии — Лодя- — восходит к прозвищу или мирскому имени Лодя.

Самая очевидная версия связывает прозвище Лодя со словом «лодка» или «лодья» (старинное название судна). В этом случае предок мог быть лодочником, перевозчиком, рыбаком или судостроителем. В говорах слово «лодя» могло означать не только плавсредство, но и долблёную колоду, корыто — то есть предмет, выдолбленный из дерева. Отсюда прозвище мог получить мастер по изготовлению таких изделий.

Менее очевидная, но возможная версия — происхождение от имени Лодя как уменьшительной формы канонического имени Владимир (через народную форму Лодимир) или Лаврентий (Лодя как вариант Лора). В таком случае фамилия перешла в разряд патронимических, где суффикс -ая выполнял роль притяжательности: «из семьи Лоди» или «жена Лоди».

Фамилия Лодяная — редкая, она не фиксируется в массовых списках дворянских или купеческих родов, что указывает на её крестьянское или мещанское происхождение. Встречается преимущественно в центральных и южных областях России, а также в Беларуси, где сохранились формы на -ая без перехода в -ов. Сравните с однокоренными фамилиями Лодкин, Лодочников, Лодягин — все они образованы от той же основы, но с разными суффиксами, что подтверждает множественность путей возникновения прозвищ от слова «лодка».