Фамилия Лохмотовы (в документах чаще встречается мужская форма — Лохмотов) ведет начало от прозвища Лохмотый. Его основа — прилагательное «лохматый», то есть непричесанный, с растрепанными волосами, лохмами. Само слово «лохма» в южных и западных русских говорах означало не только прядь волос, но и «клочья, лоскутья, тряпье, ветошь». Эта двойственность и дала два возможных толкования прозвища.

Первое — чисто внешнее: прозвище Лохмотый мог получить обладатель густых и пышных волос, которые торчали в разные стороны. Второе — социальное: Лохмотым нередко называли бедного человека, который ходил в потрепанной, изношенной одежде, буквально в лохмотьях. Оба варианта правдоподобны, но второй точнее отражает бытовую логику: прозвища, данные по бедности или неряшливости, в крестьянской среде были очень распространены.

Модель образования фамилии типична для славянской ономастики: прозвище на -ый (Лохмотый) перешло в притяжательное прилагательное с суффиксом -ов-, то есть «сын Лохмотого». Со временем форма Лохмотов закрепилась как наследственное родовое имя. Фамилия эта редкая, и ее география, скорее всего, связана с южнорусскими или белорусскими землями, где диалектное слово «лохма» бытовало активно.

Однокоренные фамилии — Лохматов, Лохмачёв, Лохмин — построены от тех же корней, но с разными суффиксами. Лохмотов среди них выделяется именно суффиксом -от-, который в прозвищах часто подчеркивал качество или состояние (ср. Бормотый, Щербатый). Точное время и место появления фамилии установить без генеалогических разысканий сложно, но ее основа ясно указывает на прозвище, данное по внешности или положению предка.