Фамилия Ломаткин — один из тех случаев, когда искать её корни стоит не в личном прозвище или профессии, а в географии. Основа фамилии — топоним, то есть название места, где жил её первый носитель. Скорее всего, родоначальник Ломаткиных был выходцем с берегов реки Ломатки (приток Суры) или из стоящего на ней села Ломаты. Это село находится в Дубенском районе, на северо-востоке Мордовии, у границы с Ульяновской областью.

Само название — и реки, и села — имеет несколько версий происхождения. По одной из них, в основе лежит мокшанское слово «ломать» — «человек, люди». По другой, более бытовой, здесь сыграло роль слово «лом»: так в поволжских говорах называли пойменный луг с кочкарником и мелким лесом. В мордовском языке «лом» тоже означает пойму. Есть и третья, ботаническая версия: название связывают с черемухой — в родственных языках это слово звучит похоже: в коми — «льем», в удмуртском — «льомну», в марийском — «ломба», в мокшанском — «лайме».

История самого села Ломаты прослеживается с конца XVII века. Строительство началось не ранее 1685 года, а первое печатное упоминание о нём, скорее всего, относится к Ревизской Сказке 1719 года, проведённой при Петре I. Фамилия Ломаткин, таким образом, — типичный для этих мест «географический» вариант, образованный с помощью суффикса -ин: Ломатка → Ломаткин, то есть «человек с Ломатки».