Фамилия Лонченкова — женская форма фамилии Лонченков, а та, в свою очередь, образована от прозвища Лонча. В основе лежит украинское слово «лончак», означающее годовалое животное — медвежонка, оленя или детёныша другого крупного зверя. Прозвище Лонча могли дать человеку, который с детства выделялся не по годам большой физической силой, как молодой, но уже крепкий зверь.

Словообразовательная модель здесь необычна: суффикс «-енков» характерен скорее для русских фамилий, образованных от имён или прозвищ на -я (как Лонча). Если бы фамилия осталась в украинской среде, она, вероятно, звучала бы как Лонченко. Переход в форму на «-ов» (Лонченков) — типичный признак русификации: когда род переезжал в великорусские губернии, фамилию адаптировали под местную норму, добавив суффикс принадлежности. Так Лонча стал Лонченковым, а его дочь или жена — Лонченковой.

Сам корень «лонч-» встречается редко, что делает фамилию заметной на фоне более частых Лонских или Лонгиновых. В говорах слово «лончак» могло закрепиться и как презрительное прозвище для неуклюжего или косолапого человека, но основная версия — именно сила, а не неуклюжесть. Других убедительных гипотез происхождения нет: связь с географическим названием (например, рекой Лонча) маловероятна из-за отсутствия таких топонимов в исторических документах.

Таким образом, фамилия Лонченкова несёт в себе память о прозвище, данном за физическую мощь, и о миграции с Украины в Россию, где фамилия обрела привычную форму через суффикс «-ов».