Фамилия Лонеева — женская форма, а её мужской вариант — Лонеев. Скорее всего, это не очень распространённая фамилия, и её происхождение стоит искать не в центральных губерниях России, а на окраинах или в среде, где русский язык соседствовал с другими.

Самая вероятная версия связывает фамилию с географическим названием. В основе может лежать топоним Лоня, Лонево или речка Лонь. Такие названия встречаются в бассейне Северной Двины и в бывших новгородских землях. Если предок получил прозвище по месту жительства — «Лонеевский» или просто «Лоня» (житель с реки Лони), — то со временем прозвище превратилось в фамилию. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Лонеев, то есть сын или потомок человека по прозвищу Лоня.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом. В некоторых северных говорах «лоня» могло означать что-то вялое, мешковатое или, наоборот, ленивого человека. Однако такое прозвище было бы слишком грубым и неудобным для повседневного обращения, поэтому версия с топонимом выглядит убедительнее.

Обратите внимание на редкость модели. Фамилия оканчивается на -еев, а не на более привычные -ов или -ин. Это типично для основ, которые заканчивались на мягкий согласный или йот (Лонь → Лонев → Лонеев). Такая морфология встречается у фамилий, образованных от старых русских имён и прозвищ (Андреев, Кошеев), но в сочетании с редкой основой «Лон-» она выдаёт локальное, возможно, даже односельское происхождение.

Сословная принадлежность предков Лонеевых, скорее всего, была крестьянской или мещанской. Дворянские фамилии с таким корнем в официальных родословных книгах не зафиксированы. Если искать однокоренные фамилии, стоит обратить внимание на Лонин, Лонькин и Лонский — все они редкие и тяготеют к северу России.

Таким образом, фамилия Лонеева — это, вероятно, «географический» отпечаток: указание на то, что предки жили у реки или в деревне с названием вроде Лони, и со временем эта привязка стала родовым именем.