Фамилия Лубегин — редкий случай, когда основа прозвища не лежит на поверхности и не связана с очевидными ремёслами или именами. В ней слышится что-то диалектное, местное, и это первое, что бросается в глаза этимологу.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Лубега. Его источник — одно из диалектных слов, образованных от корня «луб». В северных и центральных говорах «лубом» называли не только кору липы (из которой драли лыко), но и грубую, жёсткую ткань, а также нечто твёрдое, окостеневшее. Отсюда же «лубенеть» — твердеть, коченеть. Человек по прозвищу Лубега мог получить его за жёсткий, неуступчивый характер или за грубую, мозолистую кожу на руках — типичный признак того, кто постоянно работал с лубом, драл лыко или плёл лапти. Версия с «окостенением» в переносном смысле (упрямство) тоже правдоподобна.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с глаголом «лупить» в значении «бить», «драть». В этом случае Лубега — тот, кто дерёт (сдирает кору) или, в переносном смысле, «лупит» врагов. Однако фонетически это менее убедительно: от «лупить» естественнее образовались бы прозвища Лупа, Лупила, а не Лубега.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Лубегин — сын Лубеги. Фамилия явно недворянская, крестьянская или посадская. Она могла сложиться где-то на севере или северо-востоке Руси — в тех краях, где луб и лыко были основным поделочным материалом, а прозвища от занятий давали особенно часто. В современных источниках фамилия встречается редко, что подтверждает её глубоко локальное, диалектное происхождение: она не получила широкого распространения за пределами той местности, где слово «лубега» было в ходу.