Фамилия Лубенцева — женская форма, мужской вариант — Лубенцев. В её основе лежит не имя и не профессия, а географическое название. Образована она по типичной для русских фамилий модели: к топониму (названию места) прибавили суффикс принадлежности -ев-. В данном случае исходным словом стало «Лубенцы» — так могли называть жителей села, деревни или городка с корнем «луб-».

Корень «луб» в древнерусском языке означал внутреннюю часть коры дерева, из которой делали мочало, лыко, а также лубяные изделия — короба, рогожи, кровлю. Отсюда множество названий поселений: Лубны (город на Полтавщине), Лубенки, Лубенское. Скорее всего, предок носителя фамилии происходил из места, где занимались заготовкой луба или где стояла церковь, посвящённая Лубенской иконе Божией Матери. В XVI–XVII веках такие прозвания по месту жительства (так называемые «географические» фамилии) были особенно распространены среди служилых людей и крестьян, переселявшихся из одного уезда в другой.

Примечательно, что фамилия Лубенцев не имеет суффикса -ск-, который характерен для дворянских и шляхетских фамилий (Лубенский). Форма на -цев обычно указывает на более позднее и простонародное происхождение: «Лубенец» — это человек из Лубен или Лубенок, а «Лубенцев» — его потомок. Встречается фамилия преимущественно в центральных и южных областях России, а также на востоке Украины, что совпадает с ареалом древних лубных промыслов.

Версия о происхождении от прозвища Лубенец (например, грубого или «дубового» человека) менее вероятна: в русских говорах слово «луб» не имело устойчивого переносного значения, а фамилии от прозвищ редко образуются через топонимический суффикс -ец. Таким образом, Лубенцевы — это потомки выходцев из мест, где луб кормил и строил.