Фамилия Лубышев образована от прозвища Лубыш. Его основа — слово «луб», то есть липовая кора. Из луба на Руси делали множество необходимых в хозяйстве вещей: короба, лапти, мочала, корзины. Поэтому прозвище Лубыш могли дать либо торговцу такими изделиями, либо мастеру, который их изготавливал. Со временем прозвище закрепилось за потомками, и те, чей предок носил имя Лубыш, стали Лубышевыми.

Словообразовательная модель проста: к основе «Лубыш» добавили типичный русский суффикс принадлежности -ев. Такая модель в XVI–XVII веках была самой распространённой: она отвечала на вопрос «чей?» — чей сын? Лубышев. Интересно, что фамилии на -ев обычно возникали от основ на мягкий согласный или шипящий, и «ш» в конце прозвища как раз дала этот вариант окончания, а не более частое -ов.

В русских говорах слово «луб» имело и переносные значения. В некоторых областях «лубышом» могли назвать человека крепкого, плотного, «коренастого», как дуб или липа. Эта версия менее вероятна, но не исключена: прозвища по внешности давали не реже, чем по ремеслу. Однако связь с конкретным занятием — изготовлением или продажей лубяных изделий — выглядит более прямой и убедительной.

Фамилия Лубышев встречается в основном в центральных и северных регионах России, где липовые леса были обычны, а промыслы из луба — часть повседневной жизни. Это не дворянская, а крестьянская или посадская фамилия, что типично для прозвищ, перешедших в родовые имена без участия церкви или знати. В дореволюционных переписях и метрических книгах Лубышевы чаще всего записаны как крестьяне или мещане.

По сравнению с однокоренными фамилиями — Лубянов, Лубягин, Лубашев — Лубышев выделяется именно суффиксом прозвища -ыш. Этот суффикс в русском языке придаёт слову уменьшительно-ласкательный или «привычный» оттенок (сравните: малыш, глупыш, крепыш). То есть Лубыш — это не просто «тот, кто связан с лубом», а скорее «свой, знакомый лубяных дел мастер» или «малый, торгующий лубками».