Фамилия Луконие — редкий случай, когда написание говорит о происхождении больше, чем звучание. Если бы она оканчивалась на -ов или -ин, вопросов бы не возникло: перед нами типичная русская фамилия от имени или прозвища. Но финаль -ие выдаёт иную природу.

Скорее всего, перед нами фамилия семинарская, то есть искусственно созданная в духовных училищах XVIII–XIX веков. Будущим священникам нередко давали фамилии, образованные от латинских или греческих слов, чтобы придать им благозвучие и оторвать от простонародных корней. Основа «Луконие» восходит к латинскому lux (свет), в родительном падеже — lucis. Прибавив суффикс -ий, получили фамилию со значением «светлый», «относящийся к свету». В духовной среде такие фамилии были особенно уместны: свет — традиционный символ Христа и истины.

Есть и вторая, более прозаичная версия. В южнорусских и украинских говорах «луконь» или «луконие» могли называть человека, который делал лукошки — плетёные короба для ягод и грибов. Однако эта гипотеза слабее: суффикс -ие для ремесленных прозвищ нехарактерен, обычно такие фамилии оканчиваются на -ник (Лукошников). Скорее всего, семинарское происхождение первично.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным губерниям России, где были сильны духовные училища — Курская, Орловская, Тамбовская. Встречается она крайне редко, что подтверждает её искусственный, «кабинетный» характер: такие фамилии не передавались массово, их носителями были в основном священники и их потомки.

Таким образом, предок с фамилией Луконие, вероятнее всего, был выпускником семинарии, получившим «светлую» фамилию при поступлении или окончании. Это не крестьянское прозвище, а книжное, интеллигентское образование, которое и сегодня остаётся редким и узнаваемым.