Фамилия Луконины образована от личного имени Лукан. В основе лежит распространённая модель: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Луконин буквально означает «сын Лукана» или «потомок Лукана». Имя Лукан — это производная форма от крестильного имени Лука. Лука имеет латинские корни и переводится как «светоносный» (от лат. lux — свет). Форма Лукан, в свою очередь, тоже восходит к латинскому языку, где означала «сын Луки» или «светлый». Таким образом, фамилия Луконины — это отчество второго порядка: сначала от имени Лука образовали уменьшительное Лукан, а затем от него — фамилию.

Точное время появления фамилии Луконины установить сложно: процесс закрепления наследственных прозваний в русских семьях растянулся на несколько столетий. Однако по суффиксу -ин можно предположить, что фамилия сформировалась в среде, где была распространена именно такая модель образования — чаще всего в северных и центральных регионах России, а также среди крестьян и посадских людей. В дворянской среде чаще встречались фамилии на -ов/-ев или -ский. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Луконины стоят в одном ряду с Лукиными (от Лука) и Луканиными (от Луканя, другой уменьшительной формы того же имени), но отличаются от них именно суффиксом исходного имени.