Фамилия Луконкина образована от уменьшительной формы крестильного имени Лука — Луконка. Само имя Лука восходит к латинскому слову «lux» (свет) и означает «светоносный». Таким образом, в основе фамилии лежит не прозвище и не ремесло, а ласковое домашнее имя, которым в семье называли мальчика или мужчину по имени Лука.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Луконки). Это так называемые «патронимические» фамилии, которые в центральной и северной России получали по имени отца или деда. Фамилия Луконкина — женская форма; мужской вариант — Луконкин.

Об апостоле и евангелисте Луке, чьё имя лежит в основе, предание говорит, что он происходил из просвещённой греческой семьи и, возможно, был единственным автором Нового Завета нееврейского происхождения. По церковному преданию, Лука написал первую икону Пресвятой Богородицы и стал первым иконописцем: ему приписывают несколько образов Богородицы, в том числе Владимирскую «Богоматерь» (ныне в Третьяковской галерее), Ченстоховскую и Киккскую икону (хранится в монастыре Кикос на Кипре). Однако к самой фамилии эти подробности имеют лишь косвенное отношение: имя Лука было широко распространено среди всех сословий, и предок Луконкиных мог быть кем угодно — крестьянином, ремесленником или священником.

Интересная деталь: форма «Луконка» (с суффиксом -онк-) характерна для севернорусских и некоторых среднерусских говоров. В южных и западных регионах чаще употребляли уменьшительные варианты вроде «Луцька» или «Лучка». Поэтому фамилия Луконкина может указывать на географическое происхождение рода — из новгородских, вятских или архангельских земель, где такие уменьшительные имена были в ходу. В документах XIX века фамилия встречается преимущественно в Вятской и Пермской губерниях, что подтверждает эту версию.

Однокоренные фамилии — Лукин, Лукашов, Лукьянов — образованы от других форм того же имени. Луконкина среди них выделяется именно редким уменьшительным суффиксом, что делает её более локальной и «домашней» по происхождению.