Фамилия Луконькин образована от имени Луконька. Луконька — это форма крестильного мужского личного имени Лука, которое в переводе с латинского языка означает «светоносный». Возможен и другой, менее правдоподобный вариант толкования этимологии этой фамилии, связанный с прозвищем Луконька, которое связано с прилагательным «лукавый». Вероятно, прозвище Луконька закрепилось за человеком хитрым, коварным скрытным, обманчивым, двуличным и т.п. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Луконька, со временем получил фамилию Луконькин.