Фамилию Луконина образовали от имени или прозвища Луконя, а то, в свою очередь, — от крестильного имени Лука (с латинского — «светоносный»). Здесь сработала модель на -ин, типичная для русских фамилий: она отвечает на вопрос «чей?» и указывает на принадлежность потомку человека по имени Луконя. В XIX веке такие фамилии чаще закреплялись за крестьянами и мещанами, поэтому основатель рода Лукониных, скорее всего, был человеком из простого сословия.

У имени Луконя два возможных источника. Первый — уменьшительная форма от Луки, вроде «сын Луки, светлый» (латинское Lucanus). Второй — прозвище, которое могли дать лукавому человеку, склонному к плутовству. В разговорной речи слово «луконя» иногда употребляли с оттенком хитрости, так что версия с прозвищем не менее правдоподобна, чем версия с производной формой имени. Оба варианта не противоречат друг другу: в быту имя и прозвище могли сливаться.

Архивные записи подтверждают, что фамилия бытовала в центральной России. В Книге памяти Ульяновской области значится Луконин Александр Сергеевич 1869 года рождения из села Астрадамовка (Сурский район). В Книге памяти Московской области записан Луконин Борис Петрович, родившийся в 1897 году в деревне Лопатьевского района. Ещё один Луконин — Василий Павлович, 1895 года рождения, — отмечен в Книге памяти Нижегородской области, но местом его рождения указана Ивановская область, Пучежский район. Разброс по губерниям типичен для фамилии, образованной от распространённого имени: Луконины встречались в Поволжье, Подмосковье и Верхневолжье.