Фамилия Луконин образована от мирского имени Лукан — производной формы крестильного имени Лука. В переводе с латыни Лука означает «светоносный», а Лукан — «сын Луки, светлый». Суффикс -ин в русских фамилиях традиционно указывал на принадлежность: Луконин буквально значит «сын Лукана» или «потомок Лукана». В отличие от более распространённых фамилий на -ов, модель на -ин чаще встречалась в северных и центральных регионах России, что может указывать на возможную географическую привязку предков носителей фамилии.

Двойная основа (Лукан-Лука) нередко запутывает: некоторые ошибочно связывают фамилию с луком как оружием или растением, но лингвистический разбор уверенно относит её к именной группе. В ономастических трудах, например в работах Б. Унбегауна, подобные фамилии на -ин от производных имён рассматриваются как типичные для XVI–XVII веков, когда мирские имена активно вытеснялись церковными, но оставляли след в фамилиях.

Таким образом, Луконин — фамилия, напрямую указывающая на имя предка, без дополнительных ремесленных или прозвищных наслоений. Спектр однокоренных фамилий (Лукин, Луканин, Лукашев) показывает, как от одного корня разошлись разные суффиксальные ветви, и Луконин занимает здесь свою чёткую нишу.