Основой фамилии Луконин послужило мирское имя Лукан. Фамилия Луконин восходит к производной форме крестильного мужского имени Лука (с латинского - «светоносный»): Лукан (в переводе с латинского - «сын Луки, светлый»). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Лукан, со временем получил фамилию Луконин.