Фамилия Луконьковы (в мужском варианте — Луконьков) образована от имени собственного, но её основа не так очевидна, как кажется на первый взгляд. Главная версия, которую поддерживают большинство ономастов, отталкивается от крестильного имени Лука. В латинском языке Лука означает «светоносный», а в русской народной среде это имя обросло множеством уменьшительных форм. Одна из них — Луконек, от которой через суффикс -ов и возникла фамилия. То есть Луконьков — буквально «сын Луконька», то есть маленького Луки. Суффикс -к- в основе указывает на фамилию, сформировавшуюся в простонародной, недворянской среде, где такие ласкательные или обиходные формы имени были нормой.

Есть и вторая, менее правдоподобная версия, которую иногда приводят в любительских словарях. Она связывает прозвище Луконек не с именем, а с нарицательным словом «лука» — то есть изгиб, хитрость, коварство. В этом случае фамилия могла закрепиться за человеком скрытным или двуличным. Однако против этой гипотезы говорит тот факт, что в русской ономастике прозвища с суффиксом -онек крайне редки — обычно такие формы образуются именно от имён. Поэтому версия с именем Лука выглядит намного убедительнее.

Географически фамилия Луконьков встречается в центральных и северных областях России, особенно в старых переписях Вологодской и Костромской губерний. Там имя Лука было одним из самых распространённых крестильных имён, а его производные вроде Луконька или Луконько — обычным явлением. Точное время возникновения фамилии установить сложно, но скорее всего она оформилась не позднее XVII века, когда крестьянские и посадские фамилии начали массово фиксироваться в писцовых книгах. Луконьковы — не аристократический род, а типичная русская фамилия, рождённая в народной среде от простого, но звучного имени.