Фамилия Лукошюнас — один из тех случаев, когда литовское окончание скрывает под собой имя, пришедшее с юга Европы. Основа здесь — Лукош, а это, скорее всего, польская обиходная форма имени Лукас (в русской традиции — Лука). Имя это древнее, восходит к латинскому lux («свет»), и его носил евангелист Лука — сподвижник апостола Павла, врач и, по преданию, первый иконописец. Поэтому Лука считается покровителем и врачей, и художников (в католичестве — всех живописцев, в православии — иконописцев).

Примечателен суффикс -юнас. В литовской антропонимике он выполняет роль патронимического показателя, то есть буквально означает «сын» или «потомок». Таким образом, Лукошюнас — это «сын Лукоша». Фамилия строится не от полного церковного имени, а от его уменьшительно-бытовой версии, что типично для народной традиции именования: прозвище отца переходило детям как фамилия.

Географически фамилия почти наверняка принадлежит к литовскому или литовско-польскому пограничью (исторические земли Великого княжества Литовского). Окончание на -ас выдает мужской род в именительном падеже литовского языка. Если бы фамилия закрепилась в польской среде, она выглядела бы как Лукошевич или Лукош; если бы в белорусской — как Лукошонок. Литовская же форма сохранила архаичный суффикс, который указывает на происхождение рода из среды, где литовский язык был основным, а христианские имена заимствовались через польское посредство.

Встречается ли фамилия в России? Скорее всего, она редкая и локализованная. Её носители — потомки выходцев из Литвы или западных губерний Российской империи (Ковенской, Виленской, Сувалкской). Сословно предки могли быть как крестьянами, так и мелкой шляхтой — в Литве патронимические фамилии на -юнас не были закреплены за одним сословием. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией в открытых источниках не зафиксировано, что для такой специфической формы неудивительно.