Фамилия Лунган — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано с русской языковой почвой. С первого взгляда видно, что в ней нет типичных славянских фамильных суффиксов (-ов, -ев, -ин, -ский). Окончание -ан может указывать на румынское или молдавское влияние (сравните фамилии Гроссу, Стурдза), но корень «лунг» здесь скорее всего не славянский.

Самая рабочая версия — тюркское или гагаузское происхождение. В тюркских языках «лунг» или «лонг» может восходить к слову со значением «длинный», «высокий» (ср. казахское «ұзын», турецкое «uzun»). В таком случае Лунган — это прозвище высокого, долговязого человека, которое закрепилось как фамилия. Суффикс -ан в тюркских языках часто образует имена и прозвища, и в русской среде такое окончание могло сохраниться без изменений, так как фамилию не адаптировали под стандартную модель.

Вторая, менее вероятная гипотеза — связь с китайским топонимом или фамилией Лунган (например, город в КНР или китайская фамилия 龙刚). Но в этом случае фамилия попала бы в русский язык скорее через письменную фиксацию, а не через устную традицию крестьянских прозвищ. Для массового бытования среди русского населения такое объяснение слабое.

Географически фамилия Лунган встречается преимущественно на юге России, в Молдове и на Украине — в зоне контакта с тюркскими и романскими народами. Сословно предки могли быть государственными крестьянами, казаками или мещанами, но точных данных нет. В любом случае, носитель фамилии Лунган может с высокой вероятностью считать, что его предок получил прозвище за рост или стать, и это прозвище пережило века без типичных русских фамильных переделок.