Фамилия Лупатый — один из тех случаев, когда прозвище перешло в наследственное имя без изменений, без добавления типичных суффиксов -ов или -ин. Это так называемая «окаменевшая» форма прилагательного, что для русских фамилий встречается реже, чем для украинских или белорусских. В основе лежит слово «лупатый» — в южнорусских и украинских говорах так говорили о человеке с большими, навыкате или просто широко раскрытыми глазами. Иногда слово имело оттенок «вытаращенный», «пучеглазый», но без обязательной негативной окраски — скорее как яркая внешняя примета.

По модели образования фамилия Лупатый стоит в одном ряду с Глазатый, Ушатый, Носатый — все они описывали характерную черту внешности. Однако в отличие, скажем, от фамилии Глазатов, которая образована через суффикс -ов, вариант без суффикса указывает на более прямое, прозвищное происхождение. Такие фамилии чаще фиксировались в среде казачества и крестьянства юга России, где прозвища нередко записывали «как есть», не переделывая в притяжательную форму.

Встречается и менее вероятная, но возможная версия: связь с диалектным глаголом «лупать» — хлестать, бить, или даже «лупить глаза» (смотреть пристально). В этом случае прозвище могло относиться к человеку с острым, пристальным взглядом. Но первое объяснение — через внешность — и проще, и распространённее.

Географически фамилия Лупатый тяготеет к южным областям России и востоку Украины. В дореволюционных переписях она встречается среди крестьян и мещан Курской, Воронежской губерний, а также в среде донских казаков. В дворянских родословных книгах эта фамилия не отмечена — её носителями были простые сословия, где прозвище закреплялось за родом без официального утверждения герба.

Сравнение с однокоренными фамилиями даёт дополнительную картину. Лупатов — более русифицированный вариант, распространённый шире, но именно форма Лупатый сохраняет прямую связь с исходным прозвищем. В украинской традиции встречается вариант Лупатенко, что указывает на «сына Лупатого». Таким образом, все эти фамилии — ветви одного древа, корень которого — простое и меткое слово о внешности предка.