Фамилия Лупатова ведет начало от прозвища Лупатый. В русских говорах «лупатый» — тот, у кого глаза на выкате, выпуклые, навыкате. Прозвище давали не в обиду, а по заметной внешней примете: человека с крупными, выразительными глазами. В основе лежит глагол «лупить» в значении «таращить, вылуплять глаза». Связь с глаголом «лупить» (бить) здесь вторична, хотя не исключено, что в отдельных случаях прозвище могли дать драчуну или задире.

Суффикс -ов в фамилии Лупатов указывает на типичную русскую модель образования от прозвища или мирского имени: «чей сын?» — Лупатов, то есть потомок Лупатого. Форма Лупатова — женский вариант, но в быту и документах она закрепилась за родом в целом. В XIX веке такие фамилии на -ов/-ев чаще всего носили крестьяне и мещане, реже — купцы и духовенство, поскольку дворянские роды предпочитали фамилии на -ский.

Любопытная деталь: фамилия Лупатова встречается в основном в центральных и южнорусских областях — Тульской, Орловской, Курской, Рязанской. Это совпадает с ареалом слова «лупатый» в диалектах. В северных говорах вместо него чаще употребляли «пучеглазый», поэтому там фамилия редка.

Однокоренные фамилии — Лупанов, Лупачев, Лупаков — образованы от тех же основ, но с разными суффиксами. Лупанов, например, могло возникнуть от сокращенной формы имени Лупан (народный вариант Луппа), а Лупачев — от прозвища Лупач. Однако Лупатова стоит особняком: ее основа — прилагательное, а не имя или профессия, что сразу выдает прозвищное происхождение.

Встречается и вариант написания через «о» — Лопатова, но это уже другая этимология, от слова «лопата» или прозвища Лопата. Лупатова с «у» сохраняет связь с глазом, а не с инструментом.