Фамилия Лупанова — женская форма, указывающая на принадлежность к роду Лупановых. В её основе лежит мужское прозвище или нецерковное имя Лупан, а ключ к пониманию — в многозначности глагола «лупить».

Самая распространённая версия связывает прозвище с глаголом «лупить» в значении «бить, сечь». В этом случае Лупаном называли драчуна, буяна или забияку. Однако «лупить» могло означать и «драть, обдирать»: так могли прозвать плута, взяточника или обиралу. В народных говорах тот же глагол имел значение «есть жадно, неумеренно», поэтому прозвище могло закрепиться за обжорой.

Существует и другая, не менее правдоподобная гипотеза, отталкивающаяся от диалектного слова «лупастый» — глазастый, пучеглазый. Соответственно, Лупаном могли прозвать человека с большими глазами или того, кто часто моргает. Эта версия объясняет прозвище через внешний признак, что типично для русской антропонимии.

Менее убедительна версия о связи с каноническим именем Луп (от латинского lupus — «волк»). Сторонники этой гипотезы считают Лупан просторечной формой этого имени, но семантика «волка» чаще встречается в фамилиях на -ов/-ев от прямых форм (Лупов, Волков), а суффикс -ан указывает скорее на прозвищную основу.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Лупан добавили суффикс -ов, а затем — окончание -а для женского рода. Потомки человека по прозвищу Лупан со временем стали Лупановыми.