Фамилия Лупанов образована от личного прозвища Лупан. Это типичная русская фамилия, построенная по модели «прозвище + суффикс -ов», указывающая на принадлежность потомку человека с таким прозвищем. В отличие от фамилий на -ин, которые чаще образовывались от основ на -а/-я, суффикс -ов здесь присоединился к основе, оканчивающейся на твёрдый согласный.

Сам корень «луп-» в русских говорах многозначен. Самая прямая версия связывает прозвище с глаголом «лупить». В зависимости от того, какое значение глагола имелось в виду, прозвище могло получить совершенно разные люди. Если «лупить» — «бить, сечь», то Лупаном могли прозвать драчуна или забияку. Если же «лупить» в переносном смысле — «обирать, грабить», то прозвище закреплялось за плутом, мошенником или взяточником. В северных и сибирских говорах «лупить» значило «жадно и много есть», так что Лупаном легко могли окрестить обжору или любителя плотно поесть. Таким образом, прозвище оказывается ёмким и социально окрашенным, но однозначно определить, какая из черт характера или поведения дала начало фамилии, уже невозможно.

Есть и другая, не менее правдоподобная версия — от прилагательного «лупастый», то есть глазастый, пучеглазый, или от глагола «лупать» (моргать, хлопать глазами). В этом случае прозвище Лупан описывало внешность человека, его манеру смотреть или строение глаз. Такие прозвища по физической примете встречаются в русской ономастике сплошь и рядом, поэтому версия имеет серьёзные основания.

Менее убедительно выглядит гипотеза о связи с каноническим именем Луп (от латинского lupus — «волк»). Да, имя Луп встречалось в святцах, и от него могла возникнуть просторечная форма Лупан. Однако в русской традиции такие прямые заимствования из латыни через церковный календарь редки, и для фамилии Лупанов гораздо естественнее объяснение из живых диалектных слов, а не из книжного имени.

Географически фамилия Лупанов распространена по всей России, но заметно чаще встречается в центральных областях и Поволжье. Среди известных носителей — Олег Борисович Лупанов (1932–2006), крупный математик, декан мехмата МГУ, специалист в области кибернетики и теории сложности алгоритмов. Его пример показывает, что фамилия с корнем из народного прозвища может принадлежать человеку академической науки.