Фамилия Лупиков — это классическое русское отчество второго порядка, образованное по модели «внук Лупа». Если идти по цепочке: в основе лежит каноническое мужское имя Луп (или Лупп), которое пришло на Русь вместе с христианством из латыни, где lupus означает «волк». Сначала от этого имени образовали уменьшительную форму Лупик (так на Руси часто называли сыновей или младших родственников), а затем уже от неё — фамилию Лупиков, то есть «сын Лупика, внук Лупа».

Имя Луп было нередким в святцах: его носил, например, святой мученик Лупп Солунский, живший в IV веке. В русской истории след имени заметен — историк С. Б. Веселовский в своём труде по ономастике упоминает князя Данилу Васильевича Звенигородского по прозвищу Лупа (начало XVI века). Это показывает, что имя бытовало не только среди крестьян, но и в высших слоях общества, хотя впоследствии фамилии на -иков чаще закреплялись за простыми людьми.

Существуют и альтернативные версии происхождения, но они менее правдоподобны. Например, связь с глаголом «лупить» (бить, драть) или с существительным «луп» в значении «ободранная кора» — такие прозвища могли дать буяну, забияке или просто человеку с отменным аппетитом («лупить» за обе щеки). Ещё одно предположение ведёт к слову «лупастый» — так в говорах называли глазастого или часто моргающего человека. Однако все эти версии упираются в то, что фамилия Лупиков имеет характерный отческий суффикс -ов, который в подавляющем большинстве случаев крепится к личному имени, а не к прозвищу. Поэтому версия с церковным именем Луп остаётся основной и наиболее логичной.

Фамилия встречается в разных регионах России, но чаще фиксируется в центральных и южных областях, где имя Лупп когда-то было более употребительным. По написанию она нередко соседствует с вариантом Лупаков — обе фамилии восходят к одному корню, но различаются суффиксами, что говорит о разных ветвях одного родового древа.