Фамилия Лупша — редкий случай, когда прозвище почти не изменилось с течением времени и закрепилось в качестве фамилии без дополнительных суффиксов. У неё нет окончания -ов, -ин или -ский, что указывает на её позднее оформление или на то, что носитель был известен именно под этим прозвищем, которое и стало родовым именем. Такие «голые» фамилии особенно характерны для украинской, белорусской и южнорусской традиции, где человека могли записать просто как Лупша.

Корень фамилии восходит к древнерусскому глаголу «лупить» — обдирать, сдирать кору, бить, сечь. Отсюда и прозвище Лупша могло означать человека, который занимался лущением — очищал зерно, сдирал лыко с липы, обдирал кору для хозяйственных нужд. В крестьянском быту такое занятие было повседневным, и прозвище легко прикреплялось к мастеру, чья работа была на виду. С другой стороны, «лупить» могло означать и «сильно бить» — в этом случае Лупша становился прозвищем драчуна или строгого, «лупящего» человека.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «лупша» — так в некоторых говорах называли крупную щепу или отходы после лущения. Если это так, прозвище могло быть ироничным — так дразнили неаккуратного или небрежного человека, от которого «щепки летят». Однако правдоподобнее всё же первое значение, связанное с ремеслом или характером.

Географически фамилия Лупша чаще всего встречается в западных областях России, в Беларуси и на Украине. Встречаются также варианты с суффиксами — Лупшенко, Лупшев, но именно форма Лупша сохранила исходный облик прозвища. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания казаков и крестьян с таким прозвищем в реестрах Черниговского и Киевского полков, что подтверждает её южнорусские и украинские корни. Социальный состав носителей был преимущественно крестьянским и казачьим — никаких дворянских родов с такой фамилией история не знает.