Фамилия Ляхненко — характерный пример восточнославянской модели фамилий на -енко, которая особенно распространена в украинском ономастиконе. Суффикс -енко исторически указывал на принадлежность или родство: буквально «сын такого-то» или «потомок». В случае Ляхненко основа — Лях, и здесь мы сталкиваемся с двумя возможными, но не равнозначными по вероятности версиями.

Самая прямая и правдоподобная версия отсылает к этнониму «лях», которым на Руси издавна называли поляков. В древнерусских летописях «ляхи» — общее название для западных соседей, жителей Польши. Прозвище Лях могли дать человеку, который имел польские корни, происходил из Польши, или же тому, кто перенял польские обычаи, одежду, речь. В среде казачества и крестьянства такое прозвище нередко бытовало как нейтральное или даже ироничное — без резкой негативной окраски. Со временем прозвище Лях закрепилось за родом, а для обозначения потомка добавили фамильный суффикс -енко: Ляхненко — «сын Ляха».

Вторая версия, менее распространённая, связывает основу с древним личным именем Лях, которое могло быть производным от славянского корня «лех» или «лях». В некоторых говорах так называли человека с определёнными чертами характера или внешности, но конкретных значений для такого имени в сохранившихся источниках почти нет. Поэтому версия с этнонимом остаётся основной: она опирается на живую народную традицию прозвищ по национальности, которая хорошо прослеживается в других фамилиях — Поляков, Немцов, Татаринов.

География фамилии Ляхненко в основном привязана к левобережной Украине, особенно к Полтавской, Черниговской и Сумской областям, а также к южным регионам России, куда переселялись украинские крестьяне и казаки в XVIII–XIX веках. Встречаются и варианты написания — Ляхно, Ляшенко, которые образованы по той же модели, но с другими суффиксами или усечением основы. Ляхненко — фамилия недворянская, крестьянская и казацкая по происхождению, в ревизских сказках и метрических книгах XIX века её носители чаще всего записаны как государственные крестьяне или казаки.

Разобрать фамилию по составу просто: корень Лях-, суффикс -енк-, окончание -о. Ударение в русском языке обычно падает на первый слог — Ля́хненко, хотя в украинской традиции возможен и вариант Ляхне́нко. В целом, фамилия Ляхненко — это типичный пример того, как прозвище по этническому признаку превратилось в родовое имя, сохранив память о национальных и культурных контактах на пограничье славянских миров.