Фамилия Лякунин — хороший пример того, как за привычным звучанием может скрываться неочевидная основа. На первый взгляд кажется, что перед нами типичный «-ин» от имени Лякуня, но с этим именем всё не так просто. В русской ономастике нет распространённого канонического имени Лякон или Лякун. Скорее всего, в основе лежит прозвище или диалектное слово.

Самая вероятная версия отталкивается от глагола «лякать» или существительного «ляка» — в южнорусских и украинских говорах так называли пугливого, боязливого человека (ср. «лякаться» — пугаться). Прозвище Лякуня мог получить тот, кто отличался робостью или, напротив, любил пугать других. Суффикс «-ун» в таких прозвищах типичен для характеристики по действию (ср. Хвастун, Ворчун, Молчун). От Лякуни с помощью патронимического суффикса «-ин» и образовалась фамилия — «чей?» — Лякунин.

Менее убедительная, но возможная версия — связь с диалектным «лякать» в значении «болтать, пустословить». Тогда Лякуня — говорун, балаболка. В этом случае фамилия попадает в один ряд с Ляковым, Лякиным, но отличается именно суффиксом, который указывает на деятеля. Также стоит отметить, что фамилия редкая и географически привязана к регионам, где бытовали южнорусские говоры — Курская, Орловская, Воронежская области. Встречаются единичные носители в Поволжье, что может быть следствием переселения крестьян в XIX веке.

Никаких документальных сведений о дворянском происхождении Лякуниных нет. Фамилия — крестьянская или мещанская, образованная в бытовой среде, без книжной основы. В современных справочниках её часто путают с Лякуновым, но разница принципиальна: Лякунин — от прозвища на «-ун» с последующим «-ин», а Лякунов — от имени или прозвища Лякун с суффиксом «-ов». Второй вариант встречается ещё реже.