Фамилия Лякутин — относительно редкая и непростая для однозначного толкования. В её основе лежит прозвище или неканоническое имя Лякута, к которому добавился типичный русский фамильный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Лякуты). Ключевой вопрос — что означало само слово «лякута».

Самая вероятная версия связывает Лякуту с диалектным глаголом «лякать» или «ляскать» — то есть хлопать, издавать резкий звук, а также болтать, пустословить. В некоторых говорах «лякуша» — это лягушка, а «ляка» — пугало, страшилище. Таким образом, прозвище Лякута мог получить либо говорливый, пустой человек (ср. «лясничать» — балагурить), либо тот, кто, по мнению окружающих, был чем-то похож на лягушку (например, из-за походки или внешности). Вряд ли стоит искать здесь тюркские или финно-угорские корни — звуковой облик фамилии чисто славянский, хотя географически она могла закрепиться на северо-западе или в центральных областях России, где такие диалектизмы были в ходу.

Словообразовательная модель на -ута (ср. Лякута, Малюта, Гулята) типична для древнерусских прозвищ, часто с оттенком фамильярности или пренебрежения. Это не патроним от крестильного имени, а именно уличное прозвище, которое давали по характерной черте. Если бы основа была от имени Илья или Лукьян (через форму Ляка), мы бы ждали фамилию Лякин или Ляков. Суффикс -ут- здесь явно прозвищный, а не уменьшительный от календарного имени.

Носители фамилии встречаются в основном в европейской части России, но концентрация невелика. В дореволюционных переписях Лякутины могли записываться как крестьяне или мещане. Спорных версий, по сути, нет: альтернативное объяснение через «ляд» (пустошь) фонетически маловероятно. Фамилия звучит по-русски грубовато и метко — в духе тех прозвищ, которые не лестны, но цепкие и передавались по наследству.