Фамилия Лякутина образована от прозвища или нецерковного имени Лякута. Слово «лякута» в русских говорах имеет неоднозначное толкование, но наиболее вероятная версия связывает его с диалектным «лякать» — пугать, стращать. В таком случае Лякутой могли прозвать человека пугливого, боязливого либо, напротив, того, кто сам любил пугать других, подшучивать. Менее распространённая гипотеза возводит основу к «лякуша» — так в некоторых регионах называли лягушку, и прозвище могло достаться человеку с характерными чертами внешности или голоса.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Лякутин — «сын Лякуты», «из семьи Лякуты». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин широко бытовали среди крестьян и мещан. В южных и западных регионах, где преобладали окончания -ов/-ев, фамилия могла бы звучать как Лякутов, но именно форма Лякутина сохранила архаичную словообразовательную черту.

Фамилия редкая, не встречается в массовых списках дворянских родов, что косвенно говорит о её происхождении из крестьянской или посадской среды. В дореволюционных метрических книгах Лякутины изредка фиксируются в Вятской и Пермской губерниях, что позволяет предположить уральский или приуральский след. Возможно, предки носителя фамилии были связаны с горнозаводскими рабочими или государственными крестьянами этих территорий.

Если отталкиваться от версии с «лякать», стоит заметить, что в русской ономастике прозвища по характеру давались не всегда в уничижительном смысле — иногда они закреплялись за человеком как родовая память о его привычках или поведении, которое со временем теряло негативный оттенок. Так и Лякутин, при всей кажущейся простоте основы, несёт в себе отпечаток живой народной речи и местного говора, который сегодня почти утрачен.