Фамилия Лакутин образована от личного имени Лакута, которое в прошлом было мирским, то есть нецерковным. Такие имена давали в дополнение к крестильному, нередко по бытовым или природным ассоциациям. Происхождение имени Лакута спорно, но наиболее убедительная версия связывает его с тюркскими языками. В тюркском «лак» означает «козлёнок» — такое прозвище могло закрепиться за подвижным или резвым человеком. Есть и другое тюркское слово — «лака», которое переводится как «налим» (рыба) или «сон». Менее распространённая, но не лишённая оснований гипотеза выводит имя из тюркского же «лакута» — «цветок белой акации». В любом случае, имя Лакута относилось к числу некалендарных, не попавших в святцы, и бытовало в среде, где контактировали славянские и тюркские традиции.

Фамилия построена по стандартной восточнославянской модели: к основе Лакут- добавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Такие фамилии обычно означали «сын Лакуты» или «человек из семьи Лакуты». Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от основ на -а, что и произошло в случае с именем Лакута. Таким образом, носитель фамилии Лакутин — потомок человека, которого в округе знали под именем или прозвищем Лакута.

География фамилии тяготеет к южнорусским и поволжским областям, где исторически были сильны тюркские влияния. Встречается она и в некоторых казачьих родах. В письменных источниках фамилия фиксируется с XVII века, но в силу её редкости массовых переписей не попадалось. Известные носители в истории не отмечены, что делает фамилию скорее крестьянской или мещанской по происхождению — без громких дворянских линий.