Фамилия Лакуткина — женская форма, но разбирать её удобнее с мужского варианта Лакуткин. Это типичная «фамилия-отчество» с суффиксом -ин, который в русской ономастике означает принадлежность: «чей?» — Лакуткин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Лакутка.

Корень здесь неочевидный, и этимологу приходится выбирать из нескольких версий. Самая прямая и правдоподобная — от слова «лакутка». В северных и сибирских говорах лакуткой называли небольшую ямку, впадину, лунку (родственное «лакуна» — пустота, углубление). Прозвище Лакутка мог получить человек, живший в низине, либо, в переносном смысле, невысокий и худощавый — «ямочка», «впадинка». Связь с диалектной лексикой подтверждается тем, что фамилия Лакуткины бытует в основном в Поволжье и на Урале, в регионах, где такие говоры сохранялись.

Менее вероятная, но допустимая версия — от имени Лакута как варианта канонического имени Галактион (в народной речи Галактион нередко сокращали до Лактион, Лактя, а форма Лакута могла возникнуть под влиянием «лакутка»). Однако эта цепочка сложнее, и без письменных источников XVII–XVIII веков её трудно подтвердить. Третья, совсем слабая гипотеза — связь с тюркским «лакут» (драгоценный камень), но для русской крестьянской среды такое прозвище маловероятно.

Суффикс -ин указывает на то, что фамилия образована от основы на -а/-я (Лакутка → Лакуткин). Такая модель была распространена в северорусских и среднерусских землях, в отличие от южных, где чаще использовали -ов/-ев. Социально Лакуткины почти наверняка происходят из крестьян или посадских людей: прозвища по рельефу местности или внешности редко давали дворянам.

В написании фамилии стоит обратить внимание на букву «у» в корне: не путать с возможным вариантом Локуткин (от «локоть»). Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Лаку́ткина, хотя в некоторых говорах могли ставить на первый.