Фамилия Лыпка — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, диалектное прозвище. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов/-ев, -ин или -ский, эта фамилия застыла в форме краткого прилагательного или существительного. Такая модель образования — «голая» основа без суффикса — характерна для украинских, белорусских, а также западнорусских фамилий, особенно в XVI–XVII веках. Встречается она и у потомков казаков.

Само слово «лыпка» в русских говорах имеет два основных значения. Первое, самое прямое — «лыпа», то есть липа. В юго-западных и белорусских говорах «лыпа» — это липа, а «лыпка» — уменьшительная форма. Прозвище могли дать человеку, жившему у липовой рощи, занимавшемуся лыкодёрством (драли лыко с лип) или бортничеством (липа — лучший медонос). Второе значение, менее известное, но тоже реальное — «лыпка» в некоторых рязанских и тамбовских говорах означала «губа» или, в переносном смысле, «обидчивый, надутый человек». Отсюда прозвище могло закрепиться за человеком с полными губами или за обидчивым, капризным субъектом.

Версия о происхождении от имени собственного Лып (как сокращение от крестильного имени, например, Филипп) менее правдоподобна. В старых документах встречается имя Лыпка в качестве самостоятельного нецерковного имени, но оно было редким и, скорее всего, вторичным по отношению к прозвищу. Унбегаун в своём словаре русских фамилий не упоминает «Лыпку», что подтверждает её локальный, нестоличный характер.

Географически фамилия тяготеет к западу и югу России: Украина, Беларусь, Брянская, Смоленская, Курская области. В современных телефонных справочниках носители фамилии Лыпка встречаются редко, что делает её ценной для генеалогического поиска: скорее всего, все современные Лыпки — потомки одной или двух семей, разошедшихся по стране в XX веке. Сословная принадлежность предков, вероятнее всего, крестьянская или мещанская, так как фамилии с такой «недворянской» моделью образования редко встречаются у потомственных дворян.