Фамилия Лыпко образована от мирского имени Лыпа, которое представляет собой диалектный вариант названия липы. В древнерусской традиции мирские имена нередко вытесняли крестильные и фиксировались в документах как официальные. Имя Лыпа относилось к «охранительным»: считалось, что липовый крестик защищает человека от наваждений, и такое имя давали ребёнку как оберег.

Модель образования фамилии — типичная для украинской и белорусской традиции: к основе Лып- добавили патронимический суффикс -ко (вариант -енко). Первоначально такие фамилии означали «сын Лыпы» или «потомок Лыпы». Со временем форма Лыпко закрепилась как наследственное родовое имя.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским землям — современной Украине и Беларуси, где суффикс -ко особенно распространён. Встречается также на юге России, куда её могли принести переселенцы. Редкость фамилии объясняется тем, что исходное имя Лыпа уже к XVII–XVIII векам вышло из активного употребления, уступив место другим прозвищным и календарным именам.

Однокоренные фамилии — Лыпкин, Лыпенко, Лыпченко — образованы от той же основы, но с разными суффиксами. Вариант Лыпко сохранил наиболее архаичную форму, близкую к исходному имени. В ономастических справочниках эта фамилия не получила развёрнутого описания, но её прозрачная этимология позволяет уверенно связывать её с липой и охранительной магией.