Фамилия Лыпенко — яркий пример украинской модели фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -енко. Этот суффикс, широко распространённый в Центральной и Левобережной Украине в XVI–XVIII веках, изначально означал «сын» или «потомок». Со временем он закрепился как фамильный, и сегодня -енко — один из самых узнаваемых маркеров украинского происхождения.

Основа фамилии — личное имя или прозвище Лыпа. В украинском языке «лыпа» — это липа, дерево. Однако прозвища, образованные от названий деревьев, в славянской ономастике не всегда указывали на место жительства у липовой рощи. Чаще всего такое прозвище носило описательный или ироничный характер: так могли назвать медлительного, мягкого или, наоборот, высокого и статного человека. В народной культуре липа ассоциировалась с мягкостью, но также с крепостью и долголетием.

Есть и альтернативная версия, которую не стоит сбрасывать со счетов: Лыпа могло быть производным от крестильного имени Филипп. В украинском просторечии оно нередко сокращалось до Лыпа (от «Филипп» → «Хвылып» → «Лып»). В таком случае Лыпенко — это «Филиппович», то есть сын Филиппа. Версия правдоподобна, учитывая, что народная этимология часто перекраивала заимствованные имена до неузнаваемости.

Фамилия Лыпенко встречается преимущественно в центральных и восточных областях Украины, а также среди потомков переселенцев на Кубани и в Ставрополье. В России она тоже бытует, но значительно реже. Известные носители фамилии не относятся к титулованному дворянству — это в основном крестьянский и казачий род, что типично для фамилий на -енко, которые долго оставались «низовой» формой именования, пока в XIX веке не стали официальными.

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна и однозначна: корень «лып-», суффикс «-енко». Ударение в ней обычно падает на второй слог — Лыпе́нко, хотя в некоторых говорах возможно смещение на первый.