Фамилия Лысачкова образована от прозвища или нецерковного имени Лысач. В её основе лежит прилагательное «лысый» — человек без волос на голове. Это одна из «внешностных» фамилий, которые в русской традиции давали по заметной физической черте. Суффикс -ач в слове Лысач типичен для русских прозвищ: он придаёт экспрессивный, иногда слегка пренебрежительный или уменьшительный оттенок (сравните: усач, бородач, горбач). Лысач — это не просто лысый, а лысый с подчёркнутой, бросающейся в глаза особенностью.

Фамилия стоит в женской форме. Мужской вариант — Лысачков. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Лысачков буквально означает «сын Лысача». Такая модель была самой распространённой в центральной России и на севере. В южнорусских и украинских землях та же основа могла бы дать фамилию Лысаченко или Лысачук.

Географически фамилия Лысачкова встречается нечасто. Она тяготеет к южным областям России — Ростовской, Волгоградской, Краснодарскому краю, а также к востоку Украины. Там суффикс -ач в прозвищах был особенно употребителен. В центральных и северных регионах России чаще встречаются фамилии Лысов, Лысый, Лыско — от тех же корней, но с другими суффиксами.

Стоит отдельно сказать о возможной связи с топонимами. На карте есть несколько небольших хуторов и сёл с названием Лысач (например, в Харьковской области). В таком случае фамилия могла возникнуть не от прозвища, а от названия места жительства: «из Лысача» — Лысачков. Но это менее вероятно: прозвищное происхождение для фамилий на -ов первично.

Сословных ограничений у фамилии нет. Лысачковыми могли быть и крестьяне, и казаки, и мещане. Известных исторических личностей с такой фамилией в открытых источниках не зафиксировано — это редкая, локальная фамилия, которая не попала в общероссийские справочники дворянства или купечества.