Основой фамилии Любимникова послужило мирское имя Любимник. Мирское имя Любимник образовано от слова «любый», то есть «любимый». К подобным именам, очевидно, относится и имя Любимник. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Любимник, со временем получил фамилию Любимникова.