Фамилия Любинец — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищное происхождение. В русских фамилиях суффикс «-ец» чаще всего указывает на уроженца определённого места: Тверич — из Твери, Ростовец — из Ростова. Любинец, по той же логике, выходец из села или города с названием Любинь, Любино или Любинец. Такие топонимы встречаются в западных и южных областях России, на Украине и в Беларуси — в Черниговской, Хмельницкой, Тернопольской областях есть несколько сёл с корнем «люб-». Основа та же, что в слове «любить», но вряд ли фамилия напрямую произошла от прозвища «любинец» (тот, кого любят) — такая модель для русских прозвищ нетипична, хотя полностью исключать её нельзя.

Менее вероятная, но возможная версия: фамилия могла возникнуть из прозвища Любинец, данного человеку, который был всеобщим любимцем или, наоборот, любителем чего-то (например, «любинец выпить»). Однако в говорах слово «любинец» не фиксируется, в отличие от «любим» или «любимчик», которые дали фамилии Любимов и Любимцев. Поэтому версия с топонимом надёжнее.

В польской и белорусской ономастике суффикс «-ец» тоже продуктивен: Любинец мог быть полонизированной формой фамилии Любимов или Любиневич, если предок переселился в Россию из Речи Посполитой. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель на «-ец» описана как преимущественно географическая, и Любинец вписывается в неё без натяжек.

Фамилия остаётся редкой — в современных базах данных её носителей насчитывается не более нескольких сотен, преимущественно в Брянской, Смоленской областях и на востоке Украины. Это подтверждает гипотезу о западном или юго-западном происхождении. Однокоренные фамилии — Любимов, Любенко, Любиневич — гораздо распространённее, что делает Любинец ценной находкой для генеалога: поиск предков стоит начать с карты сёл «Любинец» или «Любинь» в Черниговской губернии.