Фамилия Мачкарина — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище и не крестильное имя, а слово, указывающее на конкретное занятие или бытовую деталь. Её ядро — «мачка́р» или «мачка́рь», то есть тот, кто ма́чкает. В южнорусских и украинских говорах «мачкать» означало «пачкать, марать, мять». Соответственно, мачкарем могли называть человека, чья работа была связана с грязью или краской: кожевника, красильщика тканей, гончара, а порой и просто неряху. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мачкарин — сын или потомок Мачкаря.

География фамилии сужает круг поисков. Мачкарины (и варианты Мачкаровы) встречаются прежде всего в Курской, Воронежской и Ростовской областях, а также на востоке Украины. Это зона расселения южнорусского населения, где глагол «мачкать» был в ходу. Севернее, в центральных говорах, слово почти не употребляли, поэтому и фамилия там не прижилась. Если ваш предок носил такую фамилию, он с высокой вероятностью происходил из крестьян или ремесленников Черноземья.

Интересна и словообразовательная параллель. В тех же говорах бытовали прозвища Мачкало, Мачкала — от того же корня, но с иным суффиксом. Фамилия Мачкарин могла возникнуть и от них, через форму Мачкарин — «чей-то сын Мачкалы». В ономастике это называют патронимом с усечением основы. Таким образом, у фамилии два равноправных пути: от прямого названия профессии (мачкарь) или от прозвищного имени (Мачкала).

Встречается и редкое написание через «о» — Мачкарин. В дореволюционных метриках иногда фиксировали «Мачкаровъ», но форма на -ин устойчивее: она типична для прозвищ на -арь (сравните: Кожевников от кожевник, но Пономарёв от пономарь — здесь суффикс -ев, потому что основа на мягкий согласный). Мачкарин же не подчинился этой модели, что говорит о диалектном произношении: в южных говорах твёрдый «р» дал суффикс -ин. Эта деталь — хорошая зацепка для поиска: если ваши предки из Курской губернии, фамилия почти наверняка писалась через «и».

Сейчас носителей фамилии немного, она не входит в сотни самых распространённых. Но это не делает её «потерянной»: наоборот, по ней легко восстановить род занятий предка — скорее всего, он имел дело с краской, глиной или кожей в небольшом ремесленном хозяйстве.