Фамилия Мадоныч — редкая и нестандартная для русского ономастикона. Чтобы понять её происхождение, нужно сразу отбросить привычную модель «основа + суффикс принадлежности» (-ов, -ин, -ский). Здесь мы видим суффикс -ыч, который в русских фамилиях почти не встречается. В славянском мире -ич (или -ыч после твёрдых согласных) — это, в первую очередь, отчество: Петрович, Ильич. Но в качестве фамилии такая форма характерна для сербов, хорватов и, реже, для украинцев и белорусов. Именно в западнорусских и южнорусских землях, а также у выходцев с Балкан, отчество могло закрепиться как наследственное родовое имя. Таким образом, Мадоныч — это, скорее всего, «сын Мадоны» или «потомок Мадоны».

Корень «Мадон-» отсылает к личному имени или прозвищу. Самая прямая версия — от «Мадон», искажённой или народной формы имени «Мадонна». Но здесь важно не путать с западноевропейским религиозным образом. В славянской среде, особенно в украинской и польской, «Мадонна» могло быть прозвищем для красивой, статной женщины, либо насмешливым именем для человека набожного или любившего употреблять это слово в речи. Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит тюркское или кавказское имя «Мадон» (например, у осетин Мадон — женское имя, означающее «мать»). В таком случае фамилия могла возникнуть у потомков выходцев с Кавказа, которые получили русскую фамилию по отцу через суффикс -ыч.

Географически фамилия Мадоныч встречается в основном на юге России, в Краснодарском крае и Ростовской области, а также на Украине. Это совпадает с зоной, где активно бытовали фамилии на -ич, и где смешивались славянские, балканские и кавказские антропонимические традиции. Вероятно, первые носители фамилии были либо переселенцами из Сербии или Черногории (где фамилии на -ич — норма), либо украинскими казаками, у которых отчество могло стать фамилией без изменений. В любом случае, Мадоныч — фамилия не массовая, а штучная, и её обладатели могут с высокой вероятностью проследить свои корни до конкретного предка по имени Мадон или с прозвищем Мадонна.