Фамилия Мадякин звучит на русский слух необычно, и причина в её основе. В отличие от множества фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров) или профессий (Кузнецов, Мельников), Мадякин восходит к прозвищу — скорее всего, тюркского происхождения. Корень «мадяк» или «мадьяк» в южнорусских и поволжских говорах мог означать человека низкорослого, невзрачного, а иногда и просто «маленького» (сравните с диалектным «мадыга» — коротышка). Но есть и вторая версия, связанная с этнонимом: «мадьяр» — венгр. В XVI–XVII веках в русских землях «мадярами» называли выходцев из Венгрии, попавших в плен или нанявшихся на службу. Прозвище Мадяк мог получить либо пришлый венгр, либо русский, чем-то напоминавший венгра — внешностью, манерой одеваться или говором.

Фамилию построили по классической русской модели: к основе «Мадяк» добавили суффикс принадлежности -ин. В древнерусской антропонимике суффикс -ин означал «чей?» и указывал на прямую родственную связь: Мадякин — сын Мадяка. Такая модель типична для прозвищ, оканчивающихся на -а, -я (сравните: Косой — Косин, Борода — Бородин). То есть фамилия говорит о том, что родоначальник нёс прозвище Мадяк.

Географически фамилия тяготеет к регионам бывшего Дикого поля и Поволжья — местам, где русские плотно контактировали с тюркскими народами и где оседали служилые иноземцы. В старых переписях Мадякины встречаются среди однодворцев (государственных крестьян) и казаков. Сословная принадлежность могла быть разной, но дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» не зафиксировано — это фамилия простонародная, крестьянско-мещанская.

Интересная деталь: у фамилии есть вариант написания через «о» — Мадяко́в, что встречается реже и указывает на иную модель образования (суффикс -ов, характерный для основ на твёрдый согласный). Разница в одной букве подчёркивает, насколько подвижной была русская фамильная система в XVI–XVII веках: одно и то же прозвище в разных семьях могло дать разные фамилии. Мадякин — та из них, где сохранился более архаичный суффикс -ин.