Фамилия Мадьянкин — редкий случай, когда географическая привязка оказывается почти такой же важной, как и значение корня. Носители этой фамилии, как правило, родом с юга России, из Ростовской области, Краснодарского и Ставропольского краёв. Это сразу подсказывает, что перед нами не случайное прозвище, а фамилия, возникшая в зоне активных контактов с тюркскими и кавказскими народами.

В основе фамилии лежит прозвище или неканоническое имя Мадьянка. Суффикс -к- в нём — уменьшительный или уничижительный, а корень уходит в тюркское слово «мадьян» (вариант — «мадьяр»). В тюркских языках так называли венгров (мадьяр), причём не всегда нейтрально: в народной среде слово могло означать «чужак», «пришелец с запада», а иногда и «бедолага», «скиталец». В степных областях, где смешивались казаки, калмыки, ногайцы и горцы, такое прозвище могли дать человеку с необычной внешностью, говором или повадками, напоминавшими «западного» соседа.

Модель образования проста: к основе Мадьянк- добавили типичный русский суффикс принадлежности -ин. В результате Мадьянкин — буквально «сын Мадьянки» или «человек из семьи Мадьянки». Суффикс -ин указывает на то, что исходное прозвище относилось к первому поколению: деда или отца звали Мадьянкой, а его потомки стали Мадьянкиными. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от названий профессий или отчеств на -ович, модель на -ин в южнорусских говорах была особенно распространена именно для прозвищ на -ка.

Встречается и альтернативная, менее вероятная версия: связь с арабским «мадьян» (مَدْيَن) — библейским названием земли Мадианской. Но для русской фамильной системы такой корень выглядит натяжкой: нет ни исторических, ни диалектных свидетельств его бытования в качестве прозвища среди славянского населения. Тюркское происхождение объясняет и географию, и звучание фамилии гораздо убедительнее.

Социально фамилия не выдаёт принадлежности к дворянству или духовенству — её носители, скорее всего, были казаками, крестьянами или мещанами южных окраин России. В дореволюционных метрических книгах Мадьянкины встречаются в станицах и слободах, где запись фамилии могла варьироваться: Мадьянкин, Мадьянкинов (редко), Мадьянков. Но основной вариант закрепился именно с суффиксом -ин, что окончательно сформировало её современный облик.